Osnovni ciljevi rada epidemiološke službe su prevencija zaraznih i onih nezaraznih bolesti koje su od velikog javnozdravstvenog značaja.
Služba za gospodarske, pravne i opće poslove organizira, kontrolira i prati izvršenje svih financijskih i računovodstvenih poslova sukladno propisanom te brine o zakonitoj primjeni važećih materijalno-financijskih propisa, provodi i upravlja procesima nabave roba, radova i usluga za potrebe Zavoda, priprema nacrte općih akata koje donosi Zavod, obavlja upravne i stručne poslove u vezi s upravljanjem i razvojem ljudskih potencijala, obavlja poslove u vezi s provedbom zakona kojim se uređuje pravo na pristup informacijama, obavlja poslove vezane za održavanje poslovnih prostora koje koristi Zavod, opremanje prostorija Zavoda opremom i sredstvima rada, te za tehničko održavanje, organizaciju poslova vezanih za vozni park, i organizaciju vanjske dostave.
Služba za javno zdravstvo, mentalno zdravlje i prevenciju ovisnosti Zavoda za javno zdravstvo Zagrebačke županije je zbog različitosti djelatnosti organizirana u dva Odjela: Odjel za javno zdravstvo i zdravstvenu statistiku koji je lokacijski smješten u Velikoj Gorici, te Odjel za mentalno zdravlje i izvanbolničko liječenje ovisnosti koji je dostupan na šest lokacija unutar Zagrebačke županije.
Služba za mikrobiologiju obavlja mikrobiološku dijagnostiku za potrebe Zavoda za javno zdravstvo Zagrebačke županije, ambulanati obiteljske medicine te pedijatrijskih, ginekoloških i drugih ambulanti i zdravstvenih ustanova na području Zagrebačke županije.
Timovi školske medicine provode specifične i preventivne aktivnosti za učenike i studente (sistematski i kontrolni pregledi, namjenski pregledi, probiri ili skrininzi, cijepljenja i ostale mjere zaštite od zaraznih bolesti, zdravstveno odgojne aktivnosti, savjetovališni rad i ostale propisane mjere).
Usluge:
Služba za zdravstvenu ekologiju provodi mjere i ispitivanja sa ciljem zaštite i unaprjeđenja zdravlja stanovništva Zagrebačke županije vezane uz elemente okoliša s mogućim štetnim djelovanjem.